Franciszek nic jeszcze nie powiedział o Medziugorju, ani oficjalnie ani prywatnie. Prace komisji medziugorskiej powołanej przez Watykan zostały zakończone, ale nic nie wiadomo, kiedy Franciszek postanowi na ich podstawie albo sam coś ogłosić albo upoważnić do tego Kongregację Nauki Wiary.

Niektórzy mówią, że bardzo krytycznie odniósł się do Medziugorja, choć nie wprost, kiedy 14 listopada 2013 roku powiedział: „Matka Boża (…) nie jest kierowniczką poczty, codziennie przesyłającą orędzia”. Trudno nie skojarzyć tej wypowiedzi z objawieniami w Medziugorju, w których od ponad 33 lat Matka Boża przychodzi do widzących codziennie. Zostawia im ona jednak orędzia najwyżej kilka razy na miesiąc. Jedno lub dwa z nich są adresowane do świata, reszta do osób obecnych na konkretnym objawieniu albo przekazywana jest prywatnie. Wcześniej Matka Boża przekazywała orędzia częściej.

Część z publicystów medziugorskich jest bardzo krytyczna wobec Franciszka. Na przykład włoski dziennikarz Antonio Socci, znany z kilku książek o tych objawieniach, opublikował ostatnio książkę Non È Francesco (Nie jest Franciszkiem/To nie Franciszek) książka nieprzetłumaczona jeszcze na język polski), w której dowodzi nieważności jego wyboru na papieża oraz przedstawia szereg argumentów krytycznych odnośnie jego osoby. Bardzo mocno wobec Franciszka wypowiada się także na przykład dr Kelly Bowring (piszący w Stanach Zjednoczonych o wielu objawieniach prywatnych i o Medziugorju, wydający orędzia Matki Bożej), który opublikował artykuł Czy zamierzasz zmienić doktrynę Kościoła?, w którym wprost zastanawia się nawet nad bardzo radykalną tezą, czy Franciszek jest apokaliptycznym fałszywym prorokiem.

Sama Matka Boża od czasu rezygnacji byłego papieża jest w swoich orędziach bardzo powściągliwa w stosunku do Franciszka. Na przełomie lat 2012/2013, gdy Benedykt XVI kończył swój pontyfikat, przekazała kilka orędzi, w których bardzo usilnie prosiła o modlitwę za Ojca Świętego, za kapłanów, jak mówiła – „jak nigdy dotąd”. Natomiast po wyborze Franciszka orędzia za papieża ucichły. Ani jednego. Ostatnio w niespotykanych wcześniej słowach powiedziała, że Jej Syn jest „pierwszym Pasterzem świata” (2.12.2014). Dopiero po półtora roku od czasu zmiany pontyfikatów w jednym orędziu (17.08.2014) Matka Boża poprosiła o modlitwę za „swojego umiłowanego”, jednak bez wyraźnego wskazania i bez wymieniania imienia. Choćby spontanicznie odnosić te słowa do Franciszka, trzeba przyznać, że niejedna osoba zastanawia się, kogo Matka Boża miała na myśli, ponieważ i Benedykta można honorować tym tytułem.